今天上海市中心外緣，竟存在著一片蘆葦從生，野鳥聚集的濕地。這片濕地是位於市區北緣的原江灣軍用機場（始建於1939年）的一部分，它原來含有多個日本軍隊的半地下彈藥庫，該用途被廢止後幾十年的靜置狀態中，大自然逐步把這片土地演變成以若斷若續的水面為主，輔以參天大樹的世外桃源。

在博物館自身的設計上，藉鑑了中國傳統空間中常見的「逐步揭示」的概念；西方建築主流通常將建築的室內與室外空間分成兩個互相獨立的系統，將所有室內空間總結成一個聳立在大片綠地中的雕塑體，建築的表現力主要依靠瞬時間在人們面前完全揭開的一個雕塑立面。與此相反，中國建築傳統中習慣將建築的室內、外空間分成小塊，將每個室內空間與一個室外空間配對，形成各種各樣的庭院或其他空間組合體，整個建築是在人們走過一進一進的庭院後被逐漸揭露開來的。 



保護區可說為現在上海市區內的「處女地」，經媒體報導後曾在當地市民中引起廣泛注意，與周圍人工環境的對比更強烈，形成名符其實的「綠島」，自然地在人們心目中形成「另一個世界」的意象。這種神秘感強化區內風景對人們的感染力，提高對被保護環境的珍貴感。

作為市民得以窺視園內風景的唯一管道，設計上應進一步強調此神秘感而非削弱它。「逐步揭示」正是達到這個目的一個有效手法。至於應如何在一個總建築面積不過約370平方公尺的工程中採用呢？

首先，將整個建築處理成一個屏障，在基地靠近淞滬路入口處設計了一個小型入口廣場。長形的建築被放置在廣場與園內水面間。建築被半沉入地下，向著路口的一面做成台階型，上覆土坡植樹，與廣場上的現有大樹及新植樹連成一片。要進入博物館時，人們必須走下台階，才能進入半地下的一層，暗喻了漁父穿過黑暗的岩洞發現桃源勝境之意。

接著，「第一進」主要的吸引點是水下窗、模型，及從園內轉播的攝像，整個展廳沉浸在一片水下綠色的泛光中。「第二進」則是當人們從北向南看完一層展覽後，在建築南端經樓梯往上到二層。與較封閉的一層不同，二層朝園內的一面全部為玻璃幕牆，但為了避免過早洩露園內景色的「天機」，整個幕牆外懸掛了一層不銹鋼絲網，日後將會爬滿攀援植物。大部分幕牆玻璃內面還覆蓋了一層帶鏤空圖案的磨砂塑料薄膜，所刻圖案同時又是展品之一 - 反映新江灣城歷史上不同階段的四幅地圖。

 最後「第三進」，當參觀者跨過一座玻璃天橋，從二層北端樓梯來到屋頂平台上時，保護區的地面風景終於在人們眼前全部展開。來到屋頂層南端時，整個參觀活動逐漸進入尾聲，參觀者可經室外山坡上的台階緩步回到入口廣場。 



突破博物館中傳統的「黑匣子」空間，現代博物館作為一種建築類型，其室內通常採用一種與室外完全隔絕的「黑匣子」空間，此設奕必然完全依靠人工照明及氣候控制。雖然單一的環境形式有利於突出展品本身，並能自由更換展覽內容，但是這種把參觀簡化為單一的「看」，將博物館當做堆放展品的「倉庫」的概念，反映了佔西方思想方法主流的理性主義對明確分門別類的強調，顯示早期現代建築運動只著重生理功能，而忽視心理功能的不周全。

由於這個工程的總建築面積並不大，設計師將整個博物館的室內大半用作供觀眾移動的空間，主要展品均利用建築殼體之外的生態景觀來形成。建築設計的焦點定位在如何為參觀者提供各種方式來看「展品」‭- ‬室外自然。

在設計者的概念裡，這個博物館就好像是停泊在濕地邊的一艘科學考察船，人們在船中通過水下的、電子的、全景的等各種「眼睛」窺視著外面的大自然。常春藤將慢慢佈滿建築東面玻璃幕牆外的金屬絲網，屋頂上的花架也將逐漸被紫藤覆蓋。當它們與建築西面覆土上，現在已經相當茂盛的喬灌木連成一片時，這艘「船」將消失在整個保護區的綠化之中。